Η αρχαία Άπτερα ήταν μια από τις σημαντικότερες και πιο ισχυρές πόλεις-κράτη της Δυτικής Κρήτης.
Τα ερείπιά της εντοπίζονται στο βραχώδες επίπεδο ύψωμα που δεσπόζει νοτιοανατολικά του κόλπου της Σούδας, πάνω από την εθνική οδό Χανίων – Ηρακλείου (16ο χιλιόμετρο) και το μέγεθός τους είναι ενδεικτικό της ισχύος της κατά τις περιόδους της ακμής της.
Το όνομά της το πήρε κατά μία εκδοχή από το μυθικό βασιλιά Πτέρα, ή Απτέρα, ο οποίος σύμφωνα με το μύθο ήταν αυτός που έκτισε το ναό του Απόλλωνα στους Δελφούς το 1800 π.Χ.. Κατά μια άλλη εκδοχή, μάλλον επικρατέστερη, το όνομά της η πόλη το οφείλει στις Σειρήνες που έχασαν τα φτερά τους από τη λύπη τους, όταν νικήθηκαν σε αγώνα από τις Μούσες, έπεσαν στη θάλασσα και μεταμορφώθηκαν στις νησίδες Λεύκες του κόλπου της Σούδας.
Η εξαιρετική, φυσικά οχυρή, θέση της πόλης, αποδείχτηκε ιδανική και τη βοήθησε ώστε να αναπτυχθεί και να γίνει το σημαντικότερο εμπορικό και πολιτικό κέντρο της Δυτικής Κρήτης.
Με τα δυο της λιμάνια, τη Μινώα (σημερινό Μαράθι) και τη Κίσαμο (κάτω από το χωριό Καλάμι) η Άπτερα ήλεγχε όλη τη θαλάσσια δραστηριότητα στο μεγάλο κόλπο της Σούδας, ενώ προστατευόταν από μεγάλο κυκλώπειο τείχος.
Η κατοίκιση στη περιοχή ξεκίνησε από τα προελληνικά χρόνια και συνεχίστηκε μέχρι και τη Ά βυζαντινή περίοδο. Παρόλαυτά τη μεγαλύτερη ακμή της η πόλη τη γνώρισε κατά τα ελληνιστικά χρόνια (4ος & 3ος αι. π.Χ.), οπότε έκοψε και δικό της νόμισμα. Κατά τη περίοδο αυτή η Άπτερα ήταν ένα από τα σημαντικότερα και πιο πλούσια ναυτικά, εμπορικά και βιομηχανικά κέντρα όλης της Κρήτης. Στη πόλη όπως μαρτυρούν τα ευρήματα από τις ανασκαφές, αναπτύχθηκε μεταξύ άλλων αξιόλογη πολεμική βιομηχανία, ενώ τα καράβια της μετέφεραν τα προιόντα της στην Κάτω Ιταλία, την Αρχαία Ελλάδα και την Ανατολή αποκομίζοντας πλούτη.
Κατα τη ρωμαϊκή περίοδο η Άπτερα συρρικνώνεται και η οικονομία της μετασχηματίζεται σε αγροτική. Η πόλη αν και όχι τόσο ισχυρή πλέον, συνεχίζει να κατοικείται και κατά τα βυζαντινά χρόνια και είναι μάλιστα έδρα επισκοπής. Ένας σεισμός όμως κατά τον 7ο αιώνα και λίγο πιο μετά οι επιδρομές των Σαρακηνών πειρατών βάζουν οριστικό τέλος στην ύπαρξή της γύρω στα 820-830 μ.Χ. .
Μεταγενέστερα στη θέση της αρχαίας πόλη ιδρύθηκε η μονή του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, η οποία αναφέρεται για πρώτη φορά σε επίσημο έγγραφο το 1181. Η μονή λειτουργούσε μέχρι και τη δεκαετία του 1960. Αργότερα κατά τη Τουρκοκρατία κατασκευάστηκε το χαρακτηριστικό φρούριο που βρίσκεται βορειοδυτικά του αρχαιολογικού χώρου.
Ο αρχαιολογικός χώρος είναι σήμερα επισκέψιμος και τα ερείπια της πόλης μαρτυρούν τη μεγαλοπρέπεια και την ισχύ της. Στο χώρο δεσπόζουν οι επιβλητικές ρωμαϊκές θολωτές δεξαμενές, οι οποίες διατηρούνται σε πολύ καλή κατάσταση.
Οι δεξαμενές τροφοδοτούσαν με νερό τις εγκαταστάσεις των ιδιωτικών και δημόσιων λουτρών που ανασκάφηκαν δυτικότερα.
Τη πόλη περιστοίχιζαν κυκλώπεια τείχη, τα οποία περιστοίχιζαν όλο το βραχώδες υψίπεδο στο οποίο ήταν χτισμένη. Μέρος των τειχών σώζεται και σήμερα σε μήκος μεγαλύτερο των 4 χιλιομέτρων. Στο χώρο έχουν επίσης ανασκαφεί μικρός ναός, μεγάλη ιδιωτική οικία με περίστυλη αυλή, θέατρο από το οποίο έχουν αποκαλυφτεί το κοίλο, η ορχήστρα και το πρώτο διάζωμα καθώς και νεκρόπολη δυτικά της πόλης με λαξευτούς τάφους.
Στο κέντρο σχεδόν του αρχαιολογικού χώρου βρίσκεται η μονή του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, η οποία σήμερα έχει εν μέρει αποκατασταθεί και βορειοδυτικά του τούρκικο φρούριο, στο οποίο κάθε καλοκαίρι διοργανώνονται πολιτιστικές εκδηλώσεις.
