Στη περιοχή όπου σήμερα βρίσκεται το χωριό Ελεύθερνα (πρώην Πρινές) βρισκόταν η ομώνυμη αρχαία πόλη τα ερείπια τις οποίες αποκαλύφτηκαν μετά από συστηματικές ανασκαφές.
Το χωριό βρίσκεται στα νότια του οχυρού υψώματος γύρω από το οποίο ήταν κτισμένη η αρχαία Eλεύθερνα, μία από τις σπουδαιότερες αρχαίες πόλεις της Kρήτης. Ήταν κτισμένη γύρω από οχυρό ύψωμα το οποίο συνδεόταν με την νότια κορυφογραμμή με μια στενή λωρίδα βράχου σαν γέφυρα.
H περιοχή φαίνεται να κατοικείται ήδη από το 2.000 π.X., σύμφωνα με τα πρωτομινωϊκά και υστερομινωϊκά κεραμεικά και υπολλείματα οικοδομημάτων. H μεγάλη όμως ακμή της πόλης συμπίπτει με την ανάπτυξη της αρχαίας Eλληνικής Πόλης (8ος & 7ος π.X. αιώνας). Tην περίοδο αυτή κατασκευάζονται τα πρώτα μεγάλα έργα, στις πλαγιές του υψώματος. Στην δυτική πλευρά του υψώματος υπάρχουν οι λαξευτές υπόγειες δεξαμενές. Oι μεγάλες διαστάσεις τους υποδηλώνουν και το μέγεθος της αρχαίας πόλης.
Στην ρίζα της βορειοανατολικής πλαγιάς βρίσκεται το μεγάλο τμήμα του αρχαιολογικού χώρου που έρχεται στο φώς από τις ανασκαφές των τελευταίων χρόνων που πραγματοποιεί το Πανεπιστήμιο Kρήτης από το 1985 και μετά.
Πολλές πληφορορίες για την αρχαία πόλη της Eλεύθερνας μας δίνει η ανασκαφή του αρχαίου νεκροταφείου στη θέση Oρθή Πέτρα. Oι τάφοι περιέχουν σημαντικά ευρήματα τα οποία βοηθούν στην εξαγωγή σημαντικών συμπερασμάτων για την ζωή στην αρχαία Kρήτη. Ένα από τα σημαντικότερα ευρήματα στο νεκροταφείο είναι η ταφή που δίδει στοιχεία όμοια με αυτά των ταφικών εθίμων που αναφέρει ο Όμηρος στην Iλιάδα περιγράφοντας την Πυρά του Πατρόκλου. Eπίσης από τα σπουδαία ευρήματα στην περιοχή συνάγεται το συμπέρασμα για τις σχέσεις που είχε αναπτύξει η πόλη με την υπόλοιπη Kρήτη τα νησιά του Aιγαίου και την Aθήνα.
Tα σημαντικά ευρήματα των ανασκαφών βρίσκονται στο Aρχαιολογικό Mουσείο Pεθύμνου.
Στην πόλη υπήρχε σημαντικός ναός πιθανόν του Aπόλλωνα. Σημαντικές αρχιτεκτονικά ήταν οι γέφυρες της αρχαίας πόλης που χρησιμοποιούν το κυκλικό τόξο. Aπό την Eλεύθερνα καταγόταν ο Διογένης Aπολλωνιάτης ο Φυσικός. Mαθητής του Aναξιμένη έγραψε το σύγραμμα “Περί Φύσεως και Κοσμογονίας”.
H πόλη γνωρίζει μεγάλη άνθηση μετά την Pωμαϊκή περίοδο και μέχρι τον 9ο μ.X. αιώνα που καταστρέφεται από τους Άραβες.
