Κοντά το σύγχρονο οικισμό του Μύρτου, ανατολικά της Ιεράπετρας έχουν έρθει στο φως δύο σημαντικότατοι Μινωικοί οικισμοί στις θέσεις «Φούρνου Κορυφή» και «Πύργος».
Πρωτομινωικός οικισμός – Φούρνου Κορυφή
3,5 χλμ. ανατολικά του Μύρτου, στον λόφο «Φούρνου Κορυφή» έχει ανασκαφεί σημαντικός πρωτομινωικός οικισμός (2800 – 2200 π.Χ.). Ο οικισμός ενώ αρχικά είχε μικρή έκταση στη συνέχεια μεγάλωσε. Τον αποτελούσαν ένα σύνολο από οικήματα και δωμάτια χωρίς πολεοδομικό σχέδιο, με στενά δρομάκια ανάμεσα τους και τοίχους με κόκκινο επίχρισμα. Από τις ανασκαφές αποκαλύφτηκαν 90 τέτοια δωμάτια.
Φαίνεται πως οι κάτοικοί του είχαν αναπτύξει μια πρώτη μορφή βιοτεχνίας (υφαντική, κεραμική κ.α.), αφού βρέθηκαν εργαστήρια και αποθηκευτικοί χώροι με αξιόλογα έργα κεραμικής (ρυθμοί Κουμάσας & Βασιλικής), χάλκινα εγχειρίδια, σφραγίδες, υφαντικά βάρη τους αργαλειούς κ.λπ.
Φαίνεται πως στον οικισμό αυτό τα εργαστήρια ήταν κοινά για τους κατοίκους, γεγονός που αν ισχύει μας δείχνει ότι δεν είχαν διαμορφωθεί κοινωνικές τάξεις ή διακρίσεις.
Ένα από τα κτίρια φαίνεται πως ήταν κάποιο ιερό αφού εκεί ανακαλύφθηκε η περίφημη «Θεά της Μύρτου» η οποία σήμερα εκτίθεται στο αρχαιολογικό Μουσείο του Α. Νικολάου. Το σπονδικό σκεύος απεικονίζει γυναικεία μορφή με μακρύ λαιμό και φουσκωτό σώμα, η οποία στην αγκαλιά της κρατάει σαν παιδί ένα αγγείο. Το εσωτερικό της κατασκευής είναι κενό για να γεμίσει με υγρό.
Ο οικισμός αυτός καταστράφηκε βίαια γύρω στα 2400 π.Χ. και η θέση δεν κατοικήθηκε ξανά.
Μινωικός οικισμός – Πύργος
Δυτικότερα, στην ανατολική πλευρά του ποταμού και απένταντι από το Μύρτο, στο λόφο του Πύργου, ανασκάφηκε νεοανακτορική έπαυλη και μινωικός οικισμός με αξιόλογη αρχιτεκτονική.
Η έπαυλη αποτελούσε τη κατοικία του τοπικού άρχοντα, ήταν χτισμένη στη κορυφή του λόφου και τα αρχιτεκτονικά της στοιχεία θυμίζουν μινωικό ανάκτορο. Έχει κεντρική, πλακόστρωτη αυλή την οποία διασχίζει πομπικός διάδρομος, διαθέτει εξώστη με θέα στο Λυβικό πέλαγος, ήταν τοιχογραφημένη και είχε εσωτερική σκάλα που οδηγούσε στο δεύτερο ή και τρίτο της όροφο. Τα εργαστήρια και τα σπίτια του οικισμού αναπτυσσονταν γύρω της.
Είναι φανερό ότι στους αιώνες που μεσολάβησαν μεταξύ των δύο οικισμών αναπτύχθηκαν οι κοινωνικές τάξεις οι οποίες εκφράζονται ξεκάθαρα στη πολεοδομία και την αρχιτεκτονική του οικισμού.
Τα δείγματα κεραμικής που βρέθηκαν κατά την ανασκαφή καθώς κι ένας ταχύτροχος κεραμικός τροχός αποδεικνύουν τη συνεχή ανάπτυξη της κεραμικής τέχνης. Τα κεραμικά σκεύη πλέον είναι κομψότερα και διακοσμημένα με συγκεριμένα σχήματα ή με παραστάσεις από τη φύση.
