Η πιο ανατολική μινωική ανακτορική πόλη βρίσκεται στην νοτιοανατολική παραλία της επαρχίας Σητείας, στην Κάτω Ζάκρο, σε απόσταση 45 χλμ. από την πόλη της Σητείας και 115 χλμ. από τον Άγιο Νικόλαο, σε μικρό όρμο, καλά προφυλαγμένο, στον οποίο καταλήγει μια μικρή κατάφυτη κοιλάδα.
Η Κάτω Ζάκρος είχε επισημανθεί ως σημαντικός αρχαιολογικός χώρος στα μέσα του 19ου αι. από τον ναύαρχο Spratt, ενώ στα τέλη του ίδιου αιώνα οι Ιταλοί αρχαιολόγοι Halbherr και Mariani, έκαναν δοκιμαστικές ανασκαφές και βρήκαν διάφορα αγγεία με πολυτελή διακόσμηση, που μερικά απ' αυτά ανήκαν στην πιο καλή μυκηναϊκή περίοδο της Κνωσού.
Ο Mariani χαρακτηριστικά αναφέρει: "Μια πόλη προελληνική, που δεν την πρόσεξε κανένας μέχρι σήμερα, στην προέκταση του φαραγγιού, σε τρεις αρχαίους χώρους, σε απόσταση δρόμου λίγων λεπτών ο ένας από τον άλλο και τέλος κοντά στη θάλασσα η μεγάλη πόλη της Κάτω Ζάκρου, μια από τις πιο αρχαίες κρητικές πόλεις."
Από την Κάτω Ζάκρο ως την Απάνω, υπήρχε μια αρκετά μεγάλη πόλη στη Μινωική αλλά και τις νεώτερες εποχές - ακόμη και τη ρωμαϊκή. Η προϊστορική πόλη της Ζάκρου ήταν η πιο μεγάλη των Ετεοκρητών, μετά την Πραισό.
Στα γύρω υψώματα - όπως στον Τραόσταλο -, στο Φαράγγι των Νεκρών, όπου ήταν τα νεκροταφεία της, υπάρχουν πολλοί τάφοι της ίδιας περιόδου. Το λιμάνι της Ζάκρου, προστατευμένο από βορρά, νότο και δύση, ανοικτό μόνο προς τα ανατολικά, φαίνεται να χρησιμοποιήθηκε εντατικά κατά τη μινωική ιδίως περίοδο, σαν εμπορικό κέντρο και σαν ενδιάμεσος σταθμός των πλοίων που ταξίδευαν προς τα παράλια της Αφρικής και της Ασίας.
Εδώ θα συγκεντρώνονταν τα διάφορα εμπορεύματα, που έφερναν από την Αίγυπτο και τις άλλες χώρες της Ανατολής, για να τα διοχετεύουν στα μεγάλα και πολυάνθρωπα τότε κέντρα της μινωικής Κρήτης Κνωσό, Φαιστό κ.λπ.
Το Ανάκτορο της Ζάκρου
Το 1962 ο Ν. Πλάτωνας άρχισε ανασκαφικές εργασίες στην ανατολική πλαγιά του υψώματος του Αγ. Αντωνίου αποκαλύπτοντας τελικά το τέταρτο μινωικό ανάκτορο, πολλές συνοικίες της μινωικής πόλης και τα νεκροταφεία της.
Η επιμελημένη κατασκευή της οικοδομής και το μέγεθός της - πολυόροφο κτίσμα, με περισσότερα από 300 διαμερίσματα και έκταση που ξεπερνάει τα 8000 τ.μ. -, η λαβυρινθώδης διάταξή των διαφόρων αιθουσών και η ανάπτυξή τους γύρω από μια Κεντρική Αυλή είναι ανάλογη με αυτή των άλλων μινωικών ανακτόρων.
Οι πολλές αποθήκες, η πλούσια κεραμική και οι μεγάλες ποσότητες πρώτων υλών, όπως το ελεφαντοκόκαλο και ο χαλκός σε μορφή «ταλάντων», που βρέθηκαν, επιβεβαίωσαν τη γνώμη, ότι πρόκειται για ένα νέο ανάκτορο. Τα ευρήματα στη Ζάκρο είναι πραγματικά βασιλικά, πολλές φορές ανώτερα από αυτά που βρέθηκαν στα άλλα μινωικά ανάκτορα και πιστοποιούν την πλούσια και πολυτελή ζωή που έζησαν οι βασιλιάδες της Ζάκρου, σ' αυτή την ανατολικότερη, απομονωμένη σχεδόν από την άλλη Κρήτη, γωνιά της Σητείας.
Ο συσσωρευμένος αυτός πλούτος ασφαλώς οφείλεται όχι στη φτωχή ενδοχώρα της Ζάκρου, αλλά στο εμπόριο με τις ακτές της Ασίας και της Αιγύπτου, και στη βιοτεχνία που αναπτύχθηκε στη Ζάκρο, με τη χρήση των πρώτων υλών (ελεφαντοκόκαλο, χρυσό κ.λπ.) που εισήγαγαν οι μινωίτες έμποροι από την Ανατολή. Η άποψη, ότι τα καλλιτεχνήματα και τα άλλα προϊόντα της λεπτεπίλεπτης Μινωικής βιοτεχνίας κατασκευαζόταν αποκλειστικά στην Κνωσό και από εκεί διοχετευόταν στον εξωτερικό κόσμο με τα πλοία από το λιμάνι της Ζάκρου δεν μπορεί να στηριχθεί σήμερα. Πολλά από τα προϊόντα αυτά, έβγαιναν μάλλον από τα χέρια των καλλιτεχνών της Ζάκρου.
Τα σημαντικότερα από αυτά τα ευρήματα εκτίθενται σήμερα σε ξεχωριστή αίθουσα στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου, ενώ άλλα εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Σητείας.
Το ανάκτορο της Ζάκρου καταστράφηκε απότομα και ολοκληρωτικά και δεν ξανακτίστηκε στη θέση του νέο. Από κομμάτια ηφαιστειακής μάζας, που βρέθηκαν στο χώρο του ανακτόρου, και από παρατηρήσεις για τις μετατοπίσεις των τοίχων κατά την καταστροφή, προκύψαν νέες ενδείξεις ότι η καταστροφή οφείλεται στον τρομερό σεισμό, που έγινε κατά την έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας το 1500 π.Χ. – 1490 π.Χ.
Η απότομη αυτή καταστροφή και η πυρκαγιά που ακολούθησε σκέπασε κάτω από τα ερείπια ό,τι υπήρχε στο ανάκτορο, που εγκαταλείφτηκε και ξεχάστηκε για αιώνες δίχως να συληθεί.
