Ανατολικά του σύγχρονου τουριστικού οικισμού των Μαλίων, σε εύφορη πεδινή περιοχή κοντά στη θάλασσα, βρίσκεται ο σημαντικός αρχαιολογικός χώρος του τρίτου σε μέγεθος Μινωικού ανακτορικού κέντρου της Κρήτης. Οι κατοίκιση στη περιοχή φαίνεται πως ξεκίνησε από τη νεολιθική και συνεχίστηκε στη μινωική εποχή, όπου από την προανακτορική (2500-2000 π.Χ.) κιόλας περίοδο άκμασε μεγάλος οικισμός.
Το όνομα της μινωικής πόλης-ανακτορικού κέντρου δεν έχει γίνει γνωστό παρόλαυτά στη περιοχή πιστεύεται πως βασίλεψε η δυναστεία του Σαρπηδόνα, αδελφού του Μίνωα και του Ραδαμάνθη.
Το ανάκτορο των Μαλίων, παρότι αποτέλεσε σημαντικότατο κέντρο, φαίνεται να είχε πιο περιφερειακό χαρακτήρα και ρόλο σε σχέση με αυτά της Κνωσού και Φαιστού.
Την αφορμή για την ανακάλυψη του μεγάλου μινωικού ανακτόρου των Μαλίων την έδωσαν οι χωρικοί της περιοχής, που από τις αρχές του προηγούμενου αιώνα άρχισαν να βρίσκουν στη περιοχή χρυσά αντικείμενα και προχώρησαν σε ομαδικές ανασκαφές.
Το γεγονός αυτό παρακίνησε το 1915 τον αρχαιολόγο Ι. Χατζηδάκη να αγοράσει τη περιοχή και να ξεκινήσει την ανασκαφή την οποία αργότερα συνέχισε η Γαλλική Σχολή Αρχαιολογίας Αθηνών. Από την ανασκαφή που συνεχίζεται μέχρι και σήμερα ήρθε στο φως το τρίτο μεγαλύτερο μινωικό ανάκτορο της Κρήτης, παρόμοιο με τα ανάκτορα της Κνωσού και της Φαιστού.
Το ανάκτορο στα Μάλια φαίνεται να ιδρύθηκε κατά τη Παλαιοανακτορική περίοδο (2000 π.Χ.) στο κέντρο του μεγάλου και ακμάζοντα οικισμού που προϋπήρχε. Καταστράφηκε κατά το 1700 π.Χ. για να ανοικοδομηθεί ξανά γύρω στα 1650 π.Χ. Νέα καταστροφή το 1450 π.Χ. σώριασε το νέο ανάκτορο σε ερείπια όπως και τα υπόλοιπα ανακτορικά κέντρα της Κρήτης.
Στον αρχαιολογικό χώρο των Μαλίων μπορεί σήμερα ο επισκέπτης να δει τα καλύτερα σωζόμενα λείψανα της Παλαιοανακτορικής Μινωικής περιόδου.
Το παλαιό ανάκτορο (2000-1700 π.Χ.) φαίνεται να ήταν μεγαλύτερο από το νέο (1650-1450 π.Χ.) και σε αυτό ανήκουν τα ερείπια βόρεια από το μέγαρο του βασιλιά, ο πλακόστρωτος δρόμος που οδηγεί στη θάλασσα και οι ανατολικές αποθήκες.
Το νέο ανάκτορο είχε έκταση 9 στρεμμάτων περίπου και οικοδομήθηκε από διάφορα οικοδομικά υλικά τα οποία από ότι φαίνεται του έδιναν λιγότερο λαμπρή εμφάνιση σε σχέση με αυτά της Κνωσού και Φαιστού. Κέντρο του ανακτόρου ήταν η πλακόστρωτη κεντρική αυλή του, ενώ γύρω του σε πτέρυγες, αναπτύσσονταν τα ανακτορικά κτίρια. Είχε πέντε εισόδους, από τις οποίες οι κύριες βρισκόντουσαν στο βορρά και το νότο.
Εκτεταμμένος είναι επίσης ο χώρος που έχει ανασκαφεί και ανήκει στις συνοικίες της πόλης των προανακτορικών χρόνων. Περιλάμβανε όπως έχει διαπιστωθεί εργαστήρια χαλκοτεχνίας, σφραγιδογλυφίας, κεραμικής, οικίες κ.λπ.
Ο οικισμός από την προανακτορική περίοδο κιόλας ήταν σίγουρα πλούσιος και οι κάτοικοί του εκτός από τη γεωργία ασχολούνταν με την αλιεία και το εμπόριο.
