Το φαράγγι των Μαργαριτών βρίσκεται περίπου 30 χιλιόμετρα έξω απο το Ρέθυμνο κοντά στο ομόνυμο χωριό. Τα πετρώματα είναι σχηματισμένα από πετρώματα ασβεστόλιθου 8-10 εκατομμυρίων χρόνων εξαιτίας της σταδιακής ανύψωσης όλης της περιοχής και της διάβρωσης από το νερό, το Μαργαριτσανό φαράγγι, όπως ονομάζεται εναλλακτικά το φαράγγι των Μαργαριτών, είναι γεμάτο από μεγάλη ποικιλία πανίδας και χλωρίδας, όπως κυπαρίσσια, χαμηλούς θάμνους, αγριολούλουδα και αρωματικά φυτά.
Γεώτοπος
Οι Μαργαρίτες είναι ένα χωριό πασίγνωστο για την όμορφη αρχιτεκτονική του και τα παραδοσιακά εργαστήρια αγγειοπλαστικής. Στην ευρύτερη όμως περιοχή των χωριών Μαργαρίτες, Ορθέ, και Ελεύθερνας εμφανίζεται μια σειρά από μικρά και παράλληλα φαράγγια. Μικρά ρέματα όπως ο Μαργαριτιανός αναπτύσσονται προς το βορρά και αποτελούν παραπόταμους του Γεροπόταμου.
Τα φαράγγια σχηματίζονται μέσα στο λευκο-κίτρινο μαργαϊκό ασβεστόλιθο του ανώτερου Μειοκαίνου (8-10 εκατ. χρ.) ως αποτέλεσμα της σταδιακής ανύψωσης όλης της περιοχής και της διάβρωσης του νερού.
Η περιγραφή του γεωτόπου είναι αποτέλεσμα του παραδοτέου του ερευνητικού έργου JoinOut. Το έργο με τίτλο «Σύμπραξη Καινοτόμων Δράσεων Τουρισμού Υπαίθρου» και διακριτικό τίτλο: «JoInOuT», υλοποιείται στο πλαίσιο της Δράσης "Συνεργατικοί Σχηματισμοί Καινοτομίας/ΣΣΚ» - 2η Πρόσκληση: Επιχειρήσεις» και χρηματοδοτείται από το Ευρωπαϊκό Ταμείο Περιφερειακής Ανάπτυξης (ΕΤΠΑ) και από Εθνικούς Πόρους στο πλαίσιο του Επιχειρησιακού Προγράμματος «Ανταγωνιστικότητα, Επιχειρηματικότητα και Καινοτομία (ΕΠΑνΕΚ)» του ΕΣΠΑ 2014-2020» (κωδικός Έργου: ΓΓ2CL-0359457).
