Σε βραχώδες ύψωμα κοντά στο χωριό Ρούστικα βρίσκεται η Μονή του Προφήτη Ηλία. Η θέα από το μοναστήρι είναι υπέροχη. Η μονή χτίστηκε στα χρόνια της Ενετοκρατίας όπως και πολλές άλλες μονές της Κρήτης και αν και δεν υπάρχουν ακριβή στοιχεία για την ίδρυση της, χρονολογείται μεταξύ 16ου και 17ου αι. Είναι φρουριακής αρχιτεκτονικής με το καθολικό της να είναι τρίκλιτη βασιλική με τρούλο, αφιερωμένη στον Προφήτη Ηλία, την Αγία Τριάδα και την Αγία Ζώνη.
Μέσα το καθολικό υπάρχει ένα μοναδικό ξυλόγλυπτο τέμπλο καθώς και άλλα αξιόλογα κειμήλια.
Το κωδωνοστάσιο διασώζεται από την ενετοκρατία, πράγμα που μας μαρτυρεί επιγραφή με τη χρονολογία 1637. Δεν είναι η μοναδική επιγραφή που συναντούμε στη μονή, καθώς υπάρχουν αρκετές χρονολογίες οι οποίες όμως δεν γνωρίζουμε που ακριβώς αναφέρονται. Τα κελιά είναι διώροφα, ενώ υπάρχει και ένας μεγαλοπρεπής ξενώνας του 1911 που έχει μείνει ημιτελής.
Τα πρώτα χρόνια της Τουρκοκρατίας ήταν μια περίοδος ακμής για τη Μονή καθώς πολλοί πιστοί της αφιέρωσαν τις περιουσίες τους κι επιπλέον είχε εξασφαλίσει το προνόμιο να διατηρεί καμπάνα. Το 1713 έγινε Σταυροπηγιακή με σιγγίλιο του Οικουμενικού Πατριάρχη Κυρίλλου Δ΄.
Σε όλους τους εθνικούς αγώνες η μονή παρέμενε ενεργή, προσφέροντας καταφύγιο στους επαναστάτες τους οποίους εφοδίαζε με τρόφιμα και όπλα αλλά και βοηθώντας στην πνευματική καλλιέργεια των Ρεθυμνιωτών. Διατηρούσε άτυπο σχολείο, δώρισε σημαντικά ποσά σε σχολεία της περιοχής του Ρεθύμνου και συνέβαλε με ένα μεγάλο ποσό στην ανέγερση Παρθεναγωγείου στο Ρέθυμνο.
Επίσης σημαντική ήταν η συμβολή της μονής στη γερμανική κατοχή, αφού οι μοναχοί έκρυψαν εδώ το Ιστορικό Αρχείο της Κρήτης.
Σήμερα το μοναστήρι παραμένει ανδρικό, με λίγους μοναχούς.
