Ο ναός του Αγίου Μάρκου, αφιερωμένος στον προστάτη Άγιο της Βενετίας ήταν ο επίσημος βενετσιάνικος ναός της πόλης της Candia.
Η οικοδόμηση του άρχισε το 1239. Είναι τρίκλιτη ξυλόστεγη Βασιλική με στοά στην δυτική πλευρά όπου ήταν και η είσοδος από την πλατεία της κρήνης Μοροζίνι, και διέθετε εντυπωσιακό κωδωνοστάσιο.
Όταν η πόλη πέρασε στα χέρια των Τούρκων, κατέστρεψαν τις τοιχογραφίες του ναού, γκρέμισαν το κωδωνοστάσιο και στη θέση του, έκτισαν μιναρέ και τον μετέτρεψαν σε τζαμί. Μετά το 1956 ο ναός αποκαταστάθηκε από τις φθορές που είχαν προκληθεί κατά τα τελευταία χρόνια και χρησίμευσε σαν χώρος πολιτιστικών εκδηλώσεων.
Σήμερα στεγάζει την πινακοθήκη του Δήμου Ηρακλείου όπου εκτίθενται έργα σύγχρονων Κρητών καλλιτεχνών.
