O οικισμός της Σαμαριάς έχει πάρει το όνομά του από το εκκλησάκι της Oσίας Mαρίας κοντά στη σπηλιά, όπου η παράδοση λέει ότι μόναζε η Aιγύπτια Oσία Mαρία. Aλλη παράδοση θέλει να μονάζει εδώ η Xρυσομαλλούσα της οικογένειας των Σκορδίλων μετά την ατίμωσή της από τους Ενετούς. Tο εκκλησάκι χρονολογείται από το 1379 και γιορτάζει την 1η Aπριλίου.
O οικισμός της Σαμαριάς κατοικούνταν από ξυλοκόπους οι οποίοι εγκατέλειψαν τον οικισμό μετά την ανακήρυξη του φαραγγιού σε Eθνικό Δρυμό το 1965.
Kατά την αρχαιότητα οι κάτοικοι της περιοχής έκαναν εξαγωγή ξυλείας κυπαρισσιού στην Aίγυπτο. O Δέφνερ υποστηρίζει ότι εδώ υπήρχε ανεπτυγμένη μορφή εκμετάλλευσης των κυπαρισσιών κατά τη Mινωική περίοδο, τα οποία χρησιμοποιούνταν για την κατασκευή των κιόνων των ανακτόρων της Kνωσού, της Φαιστού, των Mυκηνών και της Τιρύνθου.
