Στη βόρεια είσοδο του κόλπου της Ελούντας, σε στρατηγική θέση για τον έλεγχο του φυσικού λιμανιού της, βρίσκεται το μικρό νησί-φρούριο Σπιναλόγκα. Στη θέση του ισχυρού φρουρίου που βλέπουμε σήμερα, προϋπήρχε αρχαίο το οποίο προστάτευε το λιμάνι της αρχαίας Ολούντας.
Τα λείψανά του είχαν δει και καταγράψει περιηγητές κατά τον 16ο αι. μ.Χ., πριν χτιστεί το ενετικό φρούριο (1579-1586 μ.Χ.) που βλέπουμε σήμερα.
Η αρχαία ονομασία του νησιού ήταν Καλυδών, αλλά μετά την κατάληψη του από τους Ενετούς ονομάστηκε “spina lunga” το οποίο στα λατινικά σημαίνει «μακρύ αγκάθι». Με παράφραση προέκυψε το όνομα Σπιναλόγκα.
Η Σπιναλόγκα, μαζί με τα φρούρια της Σούδας και της Γραμβούσας στη Δυτική Κρήτη, ήταν απόρθητα και παρέμειναν σε ενετικά χέρια για πολλά χρόνια μετά τη κατάκτηση της Κρήτης από τους Τούρκους.
Σε αυτήν, τα χρόνια του κρητικού πολέμου (1645-1669) αλλά και μέχρι τη πτώση της, κατέφυγαν πολλοί κρητικοί πρόσφυγες και επαναστάτες, οι οποίοι τη χρησιμοποίησαν σαν ορμητήριο για τις επιθέσεις τους στους κατακτητές.
Παραδόθηκε στους Τούρκους με συνθήκη 50 χρόνια μετά την άλωση του Χάνδακα, το 1715. Κατά τη Τουρκοκρατία στη Σπιναλόγκα διαμορφώθηκε σταδιακά οικισμός, αμιγώς Οθωμανικός.
Εκεί έβρισκαν ασφαλές καταφύγιο οθωμανικές οικογένειες οι οποίες φοβόντουσαν τα αντίποινα των χριστιανών.
Μετά την αποχώρηση των Τούρκων γράφτηκε το τελευταίο, αλλά ίσως πιο οδυνηρό, κεφάλαιο της ζωής του μικρού νησιού. Μέχρι και τη περίοδο της Τουρκοκρατίας οι χανσενικοί, οι λεπροί όπως ονομάζονταν τότε, ήταν ελεύθεροι και διέμεναν κυρίως στις εισόδους των μεγάλων πόλεων όπου περίμεναν την ελεημοσύνη των κατοίκων ή των επισκεπτών. Από το 1904 όμως και μέχρι το 1957 η Σπιναλόγκα μετατράπηκε σε λεπροκομείο στο οποίο ζούσαν έγκλειστοι οι πάσχοντες από τη νόσο του Χάνσεν.
Η δύσκολη ζωή τους στο μικρό και άγονο νησάκι και ο αποκλεισμός τους, φόρτισε το χώρο συναισθηματικά και τον μετέτρεψε στη συνείδηση του κόσμου σε τόπο μαρτυρίου και ιστορικής μνήμης.
Σήμερα τη Σπιναλόγκα μπορεί να την επισκεφτεί κανείς με καραβάκι από τον Α. Νικόλαο, την Ελούντα και τη Πλάκα.
Το ενετικό φρούριο σώζεται σε καλή κατάσταση. Διαθέτει δύο οχυρωμένες ζώνες προστασίας. Η πρώτη, χαμηλά, ακολουθεί την ακτογραμμή ενώ η δεύτερη ακολουθεί τους βράχους της κορυφογραμμής.
Ξεχωρίζουν οι δύο ισχυρότεροι προμαχώνες του φρουρίου, σε σχήμα ημισελίνου, που με τα κανόνια τους προστάτευαν το λιμάνι της Ελούντας.
Επίσης σώζονται οι θολωτές δεξαμενές, το κτίριο της φρουράς, η πυριτιδαποθήκη και ο ναός του Α. Νικολάου από τη περίοδο της ενετοκρατίας καθώς και πολλά κτίρια του τουρκικού οικισμού και οι εγκαταστάσεις του λεπροκομείου.
