Η περιοχή περιλαμβάνει τη νήσο Κουφονήσι, τα μικρά νησάκια στα βόρεια: Στρογγυλή, Μακρουλή και Μάρμαρος και στα νότια: Τράχηλος. Το θαλάσσιο μέρος καλύπτει το 60% της περιοχής.
Το Κουφονήσι είναι ένα μικρό νησί με ξηρό και θερμό κλίμα. Το γεγονός αυτό καθίσταται εμφανές από το εμμένον βορειοαφρικανικό ερημόφιλο χλωριδικό στοιχείο και τη στεπώδη βλάστηση που παρατηρείται, με την τυπική παρουσία του πολυετούς αγρωστώδους Lygeum spartum, καθώς επίσης και του Erodium crassifolium.
Υπάρχουν και αμμώδεις και βραχώδεις ακτές. Το θαλάσσιο μέρος της περιοχής είναι πολύ αντιπροσωπευτικό και καλά διατηρημένο και περιλαμβάνει θαλάσσιες σπηλιές, υφάλους και λιβάδια ποσειδωνίας. Δεν υπάρχουν μόνιμοι κάτοικοι στο νησί. Κατά το καλοκαίρι επισκέπτονται το νησί παραθεριστές, αλλά οι τουριστικές δραστηριότητες δεν είναι έντονες.
Η σπουδαιότητα αυτής της περιοχής σχετίζεται με τη γεωγραφική θέση και την εξαιρετική κατάσταση των ενδιαιτημάτων της. Από βοτανική άποψη τόσο η χλωρίδα όσο και η βλάστηση είναι ενδιαφέρουσες, καθώς χαρακτηρίζονται από το εμμένον βορειοαφρικανικό στοιχείο, το οποίο πρέπει να έχει εκλείψει από την Κρήτη. Υπάρχουν ενδημικά φυτά στο βόρειο άκρο της κατανομής τους, όπως τα Zygophyllum alvum, Heliantemum stipulatum και Astragalus pereginus spp. peregrinus, τα οποία έχουν στο Κουφονήσι τους μοναδικούς στην περιοχή της Κρήτης ή της Ελλάδας γνωστούς πληθυσμούς τους.
Τα θαλάσσια ενδιαιτήματα είναι πολύ σημαντικά.
Τέλος η περιοχή συνδυάζει το βιολογικό με το αρχαιολογικό ενδιαφέρον. Υπάρχει ένα αρχαίο θέατρο και η αρχαιολογική αξία του νησιού θεωρείται μεγάλη, αν και δεν έχει ακόμη πλήρως ερευνηθεί.
