Ανάμεσα στον Μακρυγιαλό και τον Γούδουρα, σκαρφαλωμένη στους βράχους δίπλα στην είσοδο του φαραγγιού των Περβολακίων, η Μονή Αγίου Ιωάννη Καψά ατενίζει από τα μέσα του 15ου αιώνα το Λιβυκό πέλαγος και το Κουφονήσι.
Σύμφωνα με άλλες πηγές η ίδρυση της μονής πάει ακόμα πιο πίσω, στον 13ο αιώνα.
Το σίγουρο είναι ότι μέχρι το 1841 η μονή αποτελούνταν από μια μικρή εκκλησία χτισμένη μέσα σε μια σπηλιά και λίγα κελιά. Από το 1841 όμως εγκαταστάθηκε εδώ ο Ιωσήφ Βιτσέντζος ή Γεροντογιάννης που έμελλε να αναστηλώσει τη μονή, να προσθέσει νέα κελιά και ένα επιπλέον κλίτος στο ναό και κυρίως να την κάνει διάσημη σε όλη την Κρήτη – και όχι μόνο.
Πρόκειται για μια μάλλον αμφιλεγόμενη προσωπικότητα με όχι και τόσο ενάρετο πρότερο βίο, που όμως μετά τον θάνατο της κόρης του άλλαξε πορεία ζωής και ήρθε εδώ στο μοναστήρι για να μονάσει. Οι πιστοί συνέρεαν σε πλήθη για να δουν από κοντά τον θαυματοποιό μοναχό (λέγεται μεταξύ άλλων ότι έβλεπε οράματα, θεράπευε ασθένειες, μέχρι και ότι περπατούσε στη θάλασσα ως το Κουφονήσι απέναντι). Οι πιστοί έφερναν μαζί τους και προσφορές τις οποίες ο Γεροντογιάννης αξιοποίησε για την ανάπτυξη του μοναστηριού.
Το έργο του Ιωσήφ Γεροντογιάννη συνέχισε και ο εγγονός του που πρόσθεσε κι άλλα κελιά, καλλιέργησε τα κτήματα και έφερε νερό στη μονή.
Στα χρόνια της Κατοχής η Μονή Καψά υπήρξε σημαντικό αντιστασιακό κέντρο, με Έλληνες και Άγγλους να καταφεύγουν σε αυτήν λίγο πριν φυγαδευτούν με υποβρύχια στην Αίγυπτο. Κατά συνέπεια οι Γερμανοί ανάγκασαν τον ηγούμενο της μονής (Ιλαρίων Συντυχάκη) καθώς και τους μοναχούς να εγκαταλείψουν το μοναστήρι.
Η Μονή Καψά που είναι αφιερωμένη στον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο γιορτάζει κάθε χρόνο στις 29 Αυγούστου οπότε και συρρέουν πλήθη πιστών. Εκτός από την προνομιακή θέα, αξίζει να δει ο επισκέπτης και το εξαιρετικό ξυλόγλυπτο τέμπλο που έφτιαξε ο Χατζημηνάς το 1869 και αγιογράφησε ο Αντώνης Αλεξανδρίδης, το μωσαϊκό με βότσαλα της θάλασσας στο πάτωμα του ναού αλλά και την σπηλιά όπου ασκήτευσε ο Ιωσήφ Γεροντογιάννης και βρίσκεται μόλις 100 μ. από τη μονή.
Πρέπει να επισημανθεί ότι το ωράριο του επισκεπτηρίου της μονής όπως και οι κανόνες ένδυσης είναι πολύ αυστηροί και όπως χαρακτηριστικά σημειώνεται στην είσοδο: «Η επίσκεψη γυναικών με ανδρική περιβολή απαγορεύεται».
