Σε πάρα πολλά σημεία της Βιάννου υπάρχουν εκκλησάκια που εικάζεται από μαρτυρίες και κατά τόπους από άλλα ευρήματα ότι κάποτε λειτούργησαν ως μοναστήρια. Για παράδειγμα, στη θέση της εκκλησίας του προφήτη Ηλία στα ΒΑ του Κερατόκαμπου, που φαίνεται ότι καταστράφηκε αφού λεηλατήθηκε από τους Τούρκους.
Επίσης στη θέση της εκκλησίας του Αγίου Δημητρίου του "Γαλατόκτιστου". Για το συγκεκριμένο μοναστήρι λένε επίσης ότι επειδή ήταν ευπρόσβλητο από τους επιδρομείς της θάλασσας, γρήγορα εγκαταλείφθηκε και οι μοναχοί πήγαν πιο μέσα στην ενδοχώρα.
Τα πιο γνωστά ωστόσο μοναστήρια της Βιάννου είναι η Αγία Μονή, η Κοίμηση της Θεοτόκου ενοριακή, του Αγίου Αντωνίου της Άρβης, η Μονή Αγίου Δημητρίου στο Καστρί Χόνδρου, η Μονή Προκοπίου στο Καλάμι, η Μονή της Αγίας Υπακοής στο Συκολόγο και η Παναγία η Κεραλιμενιώτισσα στο Φάφλαγκο.
Μονή Αγίου Δημητρίου στο Καστρί Χόνδρου
Στη θέση της εκκλησίας του Αγίου Δημητρίου στο Καστρί Χόνδρου εικάζεται ότι λειτούργησε μοναστήρι κατά την Τουρκοκρατία. Το Μοναστήρι λέγεται ότι απέκτησε εκείνη την περίοδο μεγάλη φήμη ως καταφύγιο των καταδιωγμένων Χριστιανών και οι καλόγεροι του διακρίνονταν για την αγωνιστικότητα τους, κάτι που πλήρωσαν με το διωγμό τους από τους Τούρκους στα τέλη του 18ου αιώνα και αρχές του 19ου αιώνα. Οι μοναχοί, λέει η ιστορία, κατέφυγαν στη Μονή των Απεζανών και ο θρύλος συμπληρώνει ότι πριν την αποχώρηση τους έκρυψαν τα πολύτιμα ιερά σκευή τους και τα κουδούνια των προβάτων σε απρόσιτα σημεία της περιοχής.
Το εκκλησάκι του Αγίου Δημητρίου έχει βυζαντινή καταγωγή όπως μαρτυρούν οι τοιχογραφίες του και πρέπει να ήταν το καθολικό της Μονής.
Λέγεται ότι καθώς στην ευρύτερη περιοχή υπήρχαν πολλά αιγοπρόβατα., για το χτίσιμο του χρησιμοποιήθηκε γάλα αντί νερού στην παρασκευή της λάσπης. Γι’ αυτό και ονομάζεται και Αγίου Δημητρίου του "Γαλατόκτιστου".
Μονή της Αγίας Υπακοής στο Συκολόγο
Το ίδιο συνέβη και με τη Μονή της Αγίας Υπακοής. Οι κάτοικοι κρύφτηκαν στο παρακείμενο σπήλαιο της (που σήμερα αποκαλείται Απακουγή) προκειμένου να μην τους ανακαλύψουν. Πραγματικά, ακόμα και σήμερα εάν κάποιος το επισκεφτεί θα διαπιστώσει ότι το άνοιγμα του που βρίσκεται στο επίπεδο του εδάφους είναι τόσο μικρό, ώστε είναι πολύ δύσκολο να το εντοπίσει κανείς. Μην καταφέρνοντας τελικά οι Άραβες να τους ανακαλύψουν, κατέστρεψαν τελείως τη Μονή και έκτοτε δεν ξανακτίστηκε.
Λένε πως ένας από τους καλόγερους που κρύφτηκε και αυτός στο σπήλαιο της Απακουγής έφυγε μετά και πήγε και ίδρυσε τη Μονή της Παναγίας της Κεραλιμενιώτισας.
Μονή Προκοπίου στο Καλάμι
Στην ευρύτερη περιοχή του οικισμού Καλαμίου υπάρχουν ίχνη από την αλλοτινή Μονή Προκοπίου. Η ιστορία λέει ότι κατά την Αραβοκαρατία οι ντόπιοι κρύφτηκαν σε αυτήν, αλλά τους ανακάλυψαν οι Άραβες, τους έσφαξαν και κατέστρεψαν τη Μονή η οποία έκτοτε δεν ξαναχτίστηκε.
