Ο Άγιος Φραγκίσκος
Η μονόκλιτη βασιλική του Αγίου Φραγκίσκου ανήκε στο τάγμα των Φραγκισκανών επί ενετοκρατίας και ξεχωρίζει τόσο για την ιδιαίτερη αρχιτεκτονική του όσο και για τον γλυπτό του διάκοσμο. Οι Τούρκοι κατακτητές τον μετέτρεψαν σε πτωχοκομείο και το 1796 ίδρυσαν ακριβώς δίπλα σχολείο θηλέων. Στα ανατολικά του φαίνονται μέχρι σήμερα τα ερείπια των δύο παρεκκλησιών.
Όμως το στοιχείο που κάνει τον Άγιο Φραγκίσκο να ξεχωρίζει ανάμεσα στα μνημεία της πόλης είναι το αναγεννησιακό θύρωμα στην είσοδο του ναού, που κοσμείται με τα περίτεχνα κιονόκρανα σύνθετου ρυθμού.
Η Κυρία των Αγγέλων
Οι ντόπιοι την αποκαλούν και «Μικρή Παναγία» για να την ξεχωρίσουν από τη «Μεγάλη Παναγία», δηλαδή τον Μητροπολιτικό ναό. Χτίστηκε στα τελευταία χρόνια της Βενετοκρατίας από το τάγμα των Δομινικανών και ήταν αφιερωμένη στη Μαρία Μαγδαληνή.
Αν και στα πρώτα χρόνια της τουρκικής κατάκτησης λειτούργησε ως χριστιανική εκκλησία, δεν άργησε να ακολουθήσει τη μοίρα των περισσότερων ναών της πόλης: μετατράπηκε σε τζαμί και απέκτησε μιναρέ, η κορυφή του οποίου έμελλε να πέσει και να αποκτήσει το παρατσούκλι «κουτσοτρούλης». Ως ορθόδοξη εκκλησία άρχισε να λειτουργεί από το 1917, αφιερωμένη στην Κυρία των Αγγέλων, δηλαδή την Παναγία.