Η συλλογή του μουσείου ξεκινάει από το 1888 με την πρωτοβολία του Ελληνικού Φιλεκπαιδευτικού Συλλόγου Ρεθύμνης. Εώς το 1990 το μουσείο στεγαζόταν στη Λότζια. Το 1991 μεταφέρθηκε στο πενταγωνικό κτίριο, το οποίο ορθώνεται μπροστά από την κύρια πύλη της Φορτέτζας. Πλέον η προσωρινή συλλογή φιλοξενείται στο καθολικό του ενετικού ναού Αγίου Φραγκίσκου.
Ακολουθείται χρονολογική διάταξη των εκθεμάτων, τα οποία προέρχονται από πολλές περιοχές της Περιφερειακής Ενότητας και καλύπτουν από την Παλαιολιθική περίοδο μέχρι και την Πρώτη Βυζαντινή και την περίοδο της Αραβικής κατάκτησης. Έχουν ανασυρθεί είτε από συστημικές είτε από σωστικές ανασκαφές στην Περιφερειακή Ενότητα Ρεθύμνου.
Η προσωρινή έκθεση απαρτίζεται από εκθέματα της καθημερινής ζωής ,του δημόσιου βίου, των θρησκευτικών αντιλήψεων και των ταφικών εθίμων, τα οποία συνοδεύονται από κατάλληλο πληροφοριακό και εποπτικό υλικό.
1 Νοεμβρίου - 31 Μαρτίου
08:30 – 15:30
1 Απριλίου - 31 Οκτωβρίου
09:00 – 17:00
Κλειστά κάθε Τρίτη
