Η Μονή Βαρσαμόνερου υπήρξε ένα από τα σημαντικότερα κέντρα της Κρητικής Σχολής Αγιογραφίας και έχει συνδέσει αρκετά την ύπαρξή της με αυτή της μονής Βροντησίου.
Τα κτίρια της μονής είναι σήμερα κατεστραμμένα και δε σώζονται παρά ελάχιστα αρχιτεκτονικά στοιχεία από το μοναστηριακό συγκρότημα. Σώζεται σε καλή κατάσταση, αναστηλωμένη η τρίκλιτη εκκλησία η οποία είναι αφιερωμένη στη Παναγία και στους Αγίους Φανούριο και Ιωάννη.
Το παλαιότερο κλίτος πρέπει να είναι αυτό της Παναγίας όπου και σώζονται χαράγματα του 1332. Το εγκάρσιο δυτικό κλίτος είναι αφιερωμένο στον Άγιο Φανούριο και κατασκευάστηκε το 1426 ενώ αγιογραφήθηκε το 1431 από τον ζωγράφο Κωνσταντίνο Ρίκο. Το νότιο κλίτος που είναι αφιερωμένο στον Άγιο Ιωάννη κατασκευάστηκε το 1400 περίπου.
Οι τοιχογραφίες του ναού διατηρούνται σε πολύ καλή κατάσταση και θεωρούνται μεγάλης καλλιτεχνικής και επιστημονικής αξίας. Σπουδαίας τέχνης είναι επίσης το ξυλόγλυπτο τέμπλο του 16ου αιώνα καθώς και ένα ξυλόγλυπτο αναλόγιο και θρόνος που σήμερα βρίσκονται στο Ιστορικό Μουσείο Ηρακλείου.
Ο ναός δεν είναι πάντα ανοικτός. Για την επίσκεψη σας μπορείτε να πάρετε πληροφορίες από την Μονή Βροντησίου ή να αναζητήσετε τον φύλακα της Μονής στο χωριό Βορίζια 2,5 χλμ. πριν τη μονή.
